从中医角度讲，幽门螺旋杆菌的感染主要由于人体正气不足，不能抗邪外出所致。中医认为扶正气，改变幽门螺旋杆菌生存的环境，可以避免疾病的发生。因此在四诊合参的基础上服用肝脾和胃、理气消炎的药物，进行标本兼治。如果症状比较严重，也是需要四联疗法、三联疗法治疗的，等症状稳定后，再服用中药治疗。
目前对于单味中药的抗幽门螺杆菌作用存在两大观点：一是主张清热解毒为主，一是主张扶正祛邪为主，而多数试验表明清热解毒中药在抗幽门螺杆菌治疗中更具优势。
不同性味、不同作用的中药对幽门螺杆菌有抑制作用
研究结果还表明清热解毒、温中行气、补益类3类中药的抑菌作用呈递减趋势，其中黄连、黄芩具有高度抑菌作用，大黄、地榆、马鞭草具有中度抑菌作用。
鹿衔草、旋覆花、金银花、连翘、丹参、石榴皮、黄柏、干姜、北秦皮、墨旱莲、甘草、泽兰、白花蛇舌草、葛根、桑叶、仙鹤草、败酱草、当归、延胡索、赤芍、广木香具有轻度抑菌作用。国内许多学者进行的类似试验结果相近。